Padre Las Casas es declarada comuna bajo el mandato del Presidente de la República Eduardo Frei Ruíz- Tagle, tras la publicación en el Diario Oficial, el 2 de junio de 1995, en Decreto Ley N°19.391 del Ministerio del Interior que da origen a la unidad administrativa independiente, que marca la autonomía y el reconocimiento oficial como una comuna con identidad propia y al año siguiente, en 1996 se instala el municipio.

La comuna lleva este nombre en homenaje al predicador español fray Bartolomé de Las Casas. Su fundación oficial se debe a la gestión del padre Anselmo de Kaming, entonces misionero de Boroa, quién consigue con el Presidente de la República, Federico Errázuriz Echaurren la dictación del Decreto Supremo N° 1.316 que ordenaba “fundar una población en el lugar denominado Villa Alegre, al sur del río Cautín”, para su creación oficial como localidad urbana (PADEM, 2018).

El primer nombre de denominación de este sector del lado sur del río Cautín, fue “Villa Alegre”, en los albores del 1890, debido a la proliferación de “casas de tolerancia” o prostíbulos o burdeles, hasta donde llegaban en bote cruzando el río, hacendados, comerciantes, campesinos y bandidos. “Se sabe por antiguos relatos que este sector al sur del río cautín y a los pies del cerro Ku em wenu (Conún Huenu), aparecieron los primeros habitantes chilenos, los que vivián en fiestas atendidos por hermosas damas, era un paraje muy visitado por los bandidos de esa época, en que solo existían dos calles, Pleiteado y Villa Alegre (Historia de los Capuchinos en Padre Las Casas, recopilación e investigación de la obra misionera y educacional de la congregación capuchina en Padre Las Casas, proyecto financiado por el Gobierno regional de La Araucanía y aprobado por el Consejo Regional de La Araucanía, 2018).

La fecha de fundación original data del 1 de septiembre de 1899 y como referencia, el puente ferroviario que unió Temuco y Padre Las Casas había sido inaugurado el 13 de noviembre de 1898 por el Presidente Errázuriz.

En 1902 construyen la primera casa, el Centro Misional de los Frailes Capuchinos y en torno al convento nace la comunidad de Padre Las Casas. En agosto de 1905 se termina la construcción del templo de San Antonio de Padua bajo la administración del padre Leonardo de Ramberga. Destacamos además la fundación del hospital rural Maquehue en 1926 y dos años más tarde la instalación de la Base Aérea Maquehue con el grupo de Aviación N° 10.